Die Hauptforschungsinteressen umfassen Genomics sowie Proteomik- und Interaktomik-basierte Techniken zum Verständnis von molekularen Mechanismen und posttranslationalen Modifikationen bei neurodegenrativen Erkrankungen. Wir untersuchen die Funktion und Translokation von Proteinen bei M. Alzheimer, M. Parkinson und  anderen degenerativen Demenzen sowie bei der Creutzfeldt-Jakob-Krankheit (CJD). Die wichtigsten Projekte sind:

1. Rolle der epigenetischen Mechanismen bei Prionenkrankheiten. Um die wichtigsten molekularen Mechanismen, die zum neurodegenerativen Prozess beitragen, zu untersuchen, verfolgen wir die Rolle epigenetischer Modifikatoren sowie weiterer Transkriptionsregulationsereignisse wie RNA-Editing in der Pathogenese von Prionenerkrankungen und anderen schnell fortschreitenden Demenzen.
2. Neuroinflammation als bei neurodegenerativer Demenz. Ursachen neurodegenerativer Erkrankungen sind nicht vollständig bekannt. Unsere Studien konzentrieren sich auf Identifizierungen und das Verständnis der komplexen Mischungen von pro- und entzündungshemmenden Reaktionen.
3. Entwicklung von in vitro-Amplifikations-Assays für fehlgefaltete Proteine ​​bei neurodegenerativen Erkrankungen, zB  zum Nachweis von fehlgefaltetem PrPSc in humaner Zerebrospinalflüssigkeit bei Prion-Erkrankungen.
4. Proteom-basierte krankheitsspezifische Signatur bei neurodegenerativen Erkrankungen wurde etabliert, um Hauptrisikomodifikatoren und Krankheitssignaturen zu ermitteln, sowie die zugrundeliegenden Krankheitsmechanismen, die zum neurodegenerativen Prozess beitragen, besser zu verstehen. Klassische, Gel basierende und neue In-Lösung-SWATH-basierte Techniken werden angewendet, um Proteinkomplexe aus verschiedenen Fraktionen zu isolieren und durch ESI-Q-TOF-Masse zu identifizieren.

Dr. Saima Zafar betreut ein interdisziplinäres Forschungsprojekt im Bereich der Neuro-Proteomik, dessen Hauptfokusauf dem Verständnis der Pathophysiologie von schnell fortschreitenden Hirnerkrankungen wie CJK, AD und PD sowie der Entwicklung von frühen Krankheitsbiomarker und potentiellen therapeutischen Zielstrukturen dieser Erkrankungen liegt. Die Hauptforschungsinteressen umfassen Genomics, die mit Proteomik- und Interaktomik-basierten Techniken zum Verständnis von molekularen Mechanismen und posttranslationalen Modifikationen bei neurodegenrativen Erkrankungen. Translationale Studien in Zellkulturen und Tiermodellen; präklinische Biomarker-Identifizierung; klinische Interaktomik und differentielle Proteom-Alterationsstudie; Massenspektrometrische Analyse und konfokale Lasermikroskopie.

Der Schwerpunkt der Arbeiten von Dr. Matthias Schmitz liegt auf der Untersuchung von fehlgefalteten Proteinen, wie PrPSc, Aß, Tau und a-Synuclein bei neurodegenerativen Erkrankungen (CJD, Alz, PD oder DLB). Mithilfe einer neuartigen Amplifikationsmethode für fehlgefaltete Proteine, der RT-QuIC, können deren Charakteristika im Gehirn und im Liquor Cerebrospinalis von Demenz Patienten untersucht werden. Zudem werden krankheitsrelevante pathologische Prozesse im Zellen- wie auch in transgenen Mausmodellen untersuch.